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Risk variants of obesity associated genes demonstrate BMI raising effect in a large cohort

Publication sheet SummaryRelated Tags
Risk variants of obesity associated genes demonstrate BMI raising effect in a large cohort
2022
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Publication sheet

Nome da publicação: Risk variants of obesity associated genes demonstrate BMI raising effect in a large cohort

Authors: Muhammad Saqlain, Madiha Khalid, Muhammad Fiaz, Sadia Saeed, Asad Mehmood Raja, Muhammad Mobeen Zafar, Tahzeeb Fatima, João Bosco Pesquero, Cristina Maglio, Hadi Valadi, Muhammad Nawaz, Ghazala Kaukab Raja,Editor: Nidaa Ababneh

Source: PLOS ONE

Published in: 2022

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Summary

Obesity is highly polygenic disease where several genetic variants have been reportedly associated with obesity in different ethnicities of the world. In the current study, we identified the obesity risk or protective association and BMI raising effect of the minor allele of adiponectin, C1Q and collagen domain containing (ADIPOQ), cholesteryl ester transfer protein (CEPT), FTO alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase (FTO), leptin (LEP), and leptin receptor (LEPR) genes in a large cohort stratified into four BMI-based body weight categories i.e., normal weight, lean, over-weight, and obese. Based on selected candidate genetic markers, the genotyping of all study subjects was performed by PCR assays, and genotypes and allele frequencies were calculated. The minor allele frequencies (MAFs) of all genetic markers were computed for total and BMI-based body weight categories and compared with MAFs of global and South Asian (SAS) populations. Genetic associations of variants with obesity risk were calculated and BMI raising effect per copy of the minor allele were estimated. The genetic variants with higher MAFs in obese BMI group were; rs2241766 (G = 0.43), rs17817449 (G = 0.54), rs9939609 (A = 0.51), rs1421085 (C = 0.53), rs1558902 (A = 0.63), and rs1137101 (G = 0.64) respectively. All these variants were significantly associated with obesity (OR = 1.03–4.42) and showed a high BMI raising effect (β = 0.239–0.31 Kg/m2) per copy of the risk allele. In contrast, the MAFs of three variants were higher in lean-normal BMI groups; rs3764261 A = 0.38, rs9941349 T = 0.43, and rs7799039 G = 0.40–0.43). These variants showed obesity protective associations (OR = 0.68–0.76), and a BMI lowering effect per copy of the protective allele (β = -0.103–0.155 Kg/m2). The rs3764261 variant also showed significant and positive association with lean body mass (OR = 2.38, CI = 1.30–4.34). Overall, we report six genetic variants of ADIPOQ, FTO and LEPR genes as obesity-risk markers and a CETP gene variant as lean mass/obesity protective marker in studied Pakistani cohort.

Summary translated by

A obesidade é uma doença altamente poligênica, onde diversas variantes genéticas têm sido associadas à obesidade em diferentes etnias do mundo. No presente estudo, identificamos o risco de obesidade ou associação protetora e efeito de aumento do IMC do alelo menor da adiponectina, C1Q e domínio de colágeno contendo (ADIPOQ), proteína de transferência de éster de colesterol (CEPT), dioxigenase dependente de alfa-cetoglutarato FTO (FTO) , genes de leptina (LEP) e receptor de leptina (LEPR) em uma grande coorte estratificada em quatro categorias de peso corporal baseadas no IMC, ou seja, peso normal, magro, com sobrepeso e obeso. Com base nos marcadores genéticos candidatos selecionados, a genotipagem de todos os indivíduos do estudo foi realizada por ensaios de PCR, e os genótipos e frequências alélicas foram calculados. As frequências alélicas menores (MAFs) de todos os marcadores genéticos foram calculadas para categorias de peso corporal total e baseado no IMC e comparadas com MAFs de populações globais e do Sul da Ásia (SAS). Foram calculadas associações genéticas de variantes com risco de obesidade e estimado o efeito de aumento do IMC por cópia do alelo menor. As variantes genéticas com MAFs mais elevados no grupo de IMC obeso foram; rs2241766 (G = 0,43), rs17817449 (G = 0,54), rs9939609 (A = 0,51), rs1421085 (C = 0,53), rs1558902 (A = 0,63) e rs1137101 (G = 0,64), respectivamente. Todas essas variantes foram significativamente associadas à obesidade (OR = 1,03–4,42) e mostraram um alto efeito de aumento do IMC (β = 0,239–0,31 Kg/m2) por cópia do alelo de risco. Em contraste, os MAFs de três variantes foram maiores nos grupos de IMC magro-normal; rs3764261 A = 0,38, rs9941349 T = 0,43 e rs7799039 G = 0,40–0,43). Essas variantes mostraram associações protetoras da obesidade (OR = 0,68–0,76) e um efeito redutor do IMC por cópia do alelo protetor (β = -0,103–0,155 Kg/m2). A variante rs3764261 também apresentou associação significativa e positiva com a massa corporal magra (OR = 2,38, IC = 1,30–4,34). No geral, relatamos seis variantes genéticas dos genes ADIPOQ, FTO e LEPR como marcadores de risco de obesidade e uma variante do gene CETP como marcador protetor de massa magra/obesidade na coorte paquistanesa estudada.

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GenéticaObesidade