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O advento de novas tecnologias na saúde impactou nossos indicadores clínicos e econômicos. Os métodos de pesquisa que incorporam conceitos de economia da saúde e epidemiologia clínica permitem avaliar a eficiência de novas tecnologias, por exemplo, através da análise de custo-efetividade. Este é um instrumento de análise de valor das disciplinas em saúde. A metodologia, análise de custo-efetividade, é condição determinante da moderna prática de cuidados à saúde, pois as opções terapêuticas hoje disponíveis no Sistema Único de Saúde (SUS) ou no sistema de saúde suplementar do Brasil passam necessariamente por tal análise, logo o sistema de saúde, bem como os profissionais de saúde, são levados a reexaminar os benefícios e custos de suas ações para garantir que haja incorporação de tecnologias mais eficientes. Neste segundo artigo sobre avaliação de tecnologia em saúde reviram-se os conceitos de análise de custo-efetividade, os passos envolvidos na sua execução e o método para a análise crítica dos resultados.