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Os mecanismos subjacentes às adaptações induzidas pelo exercício no tecido adiposo não foram elucidados, ainda assim, estudos acumulados sugerem um papel importante para os microRNAs (miRNAs). Este estudo teve como objetivo investigar a expressão de miRNA no tecido adiposo subcutâneo glúteo (GSAT) em resposta a uma intervenção de exercício de 12 semanas em mulheres sul-africanas com obesidade, e avaliar diferenças específicas de depósito na expressão de miRNA em GSAT e tecido adiposo subcutâneo abdominal (ASAT ). Além disso, foi avaliada a associação entre alterações induzidas pelo exercício na expressão de miRNA e risco metabólico. As mulheres realizaram 12 semanas de treinamento aeróbico e resistido supervisionado (n = 19) ou mantiveram atividade física regular durante esse período (n = 12). Os miRNAs induzidos pelo exercício foram identificados no GSAT usando sequenciamento Illumina, seguido pela análise de miRNAs expressos diferencialmente no GSAT e ASAT usando PCR quantitativo em tempo real. As associações entre as alterações (pré e pós-treinamento) na expressão de miRNA e parâmetros metabólicos foram avaliadas por meio de testes de correlação de Spearman. O treinamento físico aumentou significativamente a expressão de miR-155-5p (1,5 vezes, p = 0,045), miR-329-3p (2,1 vezes, p <0,001) e miR-377-3p (1,7 vezes, p = 0,013). ) no GSAT, mas não no ASAT. Além disso, um novo miRNA, MYN0617, foi identificado no GSAT, com baixa expressão no ASAT. As diferenças induzidas pelo exercício na expressão de miRNA foram correlacionadas entre si e associadas a alterações nas concentrações de lipoproteínas de alta densidade. O treinamento físico induziu a expressão específica de miRNA de depósito adiposo em depósitos de tecido adiposo subcutâneo de mulheres sul-africanas com obesidade. A importância da associação entre miRNAs induzidos pelo exercício e risco metabólico merece uma investigação mais aprofundada.