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Anormalidades no metabolismo lipídico têm sido associadas ao desenvolvimento da obesidade. Utilizamos uma abordagem nutrigenética para estabelecer uma ligação entre lipídios e obesidade em indianos asiáticos, que são conhecidos por terem uma alta prevalência de obesidade central e dislipidemia. Uma amostra de 497 indivíduos indianos asiáticos (260 com diabetes tipo 2 e 237 com tolerância normal à glicose) (idade média: 44 ± 10 anos) foi escolhida aleatoriamente no Estudo Epidemiológico Rural Urbano de Chennai (CURES). A ingestão alimentar foi avaliada por meio de questionário previamente validado. Um escore de risco genético (GRS) foi construído com base nas variantes genéticas da proteína de transferência de éster de colesterol (CETP) e da lipase lipoproteica (LPL). Houve interação significativa entre GRS e ingestão de ácidos graxos saturados (SFA) na circunferência da cintura (CC) (Pinteração = 0,006). Indivíduos com baixa ingestão de SFA (≤23,2 g/dia), apesar de possuírem ≥2 alelos de risco, apresentaram CC menor em comparação com indivíduos portadores de <2 alelos de risco (Beta = −0,01 cm; p = 0,03). Para aqueles indivíduos portadores de ≥2 alelos de risco, uma alta ingestão de SFA (>23,2 g/dia) foi significativamente associada a uma CC maior do que uma baixa ingestão de SFA (≤23,2 g/dia) (Beta = 0,02 cm, p = 0,02). Não houve interações significativas entre GRS e outros fatores dietéticos em nenhum dos resultados medidos. Concluímos que uma dieta pobre em SFA pode ajudar a reduzir o risco genético de obesidade central confirmada pelas variantes genéticas CETP e LPL. Por outro lado, uma dieta rica em SFA aumenta o risco genético de obesidade central em indianos asiáticos.