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O ritmo circadiano surge endogenamente de relógios moleculares geneticamente codificados, nos quais os componentes colaboram para induzir flutuações cíclicas, ocorrendo aproximadamente a cada 24 horas. Os ritmos sincronizam processos biológicos com padrões ambientais regulares e previsíveis para garantir o metabolismo do hospedeiro, a função de homeostase energética e o bem-estar. Interrupções nos ritmos circadianos estão amplamente associadas a distúrbios metabólicos. Notavelmente, os ritmos microbianos são influenciados tanto pelo relógio circadiano intrínseco do hospedeiro quanto por fatores rítmicos externos (ou seja, ciclo claro-escuro, padrões alimentares e composição da dieta), que afetam a estrutura das comunidades microbianas e as funções metabólicas. Além disso, a microbiota e os metabólitos também influenciam reciprocamente os ritmos do hospedeiro, potencialmente impactando a função metabólica do hospedeiro. Esta revisão explora as interações bidirecionais entre o relógio circadiano, os fatores que influenciam os ritmos circadianos hospedeiro-microbianos e os efeitos no metabolismo lipídico e na homeostase energética.