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Epidemias globais de obesidade e diabetes tipo 2 (DT2) exigem soluções inovadoras, além dos tratamentos convencionais. Novas pesquisas mostram que probióticos e alimentos funcionais são cruciais para o controle da saúde metabólica, reduzindo a inflamação, preservando os níveis de glicose e ajustando a flora intestinal. Esta revisão investiga a complexa relação entre a flora intestinal e doenças metabólicas e como dietas funcionais e probióticos auxiliam. Além disso, são investigados dados clínicos que comprovam sua eficácia no controle do diabetes e da obesidade, enfatizando tanto os resultados favoráveis quanto as questões ainda existentes. Ao abordar a heterogeneidade das cepas probióticas, personalizar tratamentos e considerar questões regulatórias, esta revisão enfatiza o potencial dos probióticos e alimentos funcionais para a prevenção e o tratamento de doenças metabólicas incluídas na prática médica regular. Evidências crescentes apontam para cepas probióticas específicas e ingredientes alimentares funcionais que podem mitigar a disbiose intestinal, diminuir sistemicamente a inflamação e melhorar os parâmetros metabólicos no diabetes e na obesidade. Para maximizar a eficácia terapêutica e compensar a heterogeneidade interindividual da resposta ao tratamento, esta revisão examina dosagens e formatos de administração clinicamente eficazes. O artigo expressa uma perspectiva crítica sobre as questões associadas à padronização, avaliação de segurança e compatibilidade com protocolos de tratamento tradicionais. Concluímos descrevendo as medidas tomadas para traduzir essas intervenções em diretrizes de saúde pública e regimes alimentares individualizados.