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Antecedentes A cirurgia bariátrica é a escolha de tratamento mais eficaz para obesidade grave. A literatura recente indica que a proteína 51 de ligação ao FK506 (FKBP51) poderia desempenhar um papel na homeostase energética, influenciando a adipogênese e o peso. Objetivo Avaliar se a presença do alelo T do SNP FKBP5 rs1360780, associado ao aumento da expressão de FKBP51, poderia influenciar a perda de peso após cirurgia bariátrica. Cenário Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Brasil. Métodos Foram incluídos 42 pacientes aguardando cirurgia bariátrica e avaliada a presença do polimorfismo rs1360780 da FKBP5. No pós-operatório foi realizado acompanhamento da perda de peso durante 26 meses (n = 42, 36, 35, 35 e 30, da primeira à quinta avaliação pós-operatória, respectivamente; perda de seguimento: 28,6%) . Resultados Os portadores do alelo T apresentaram perda de peso significativamente menor em comparação aos pacientes com o genótipo C/C após o 12º ao 14º mês de acompanhamento. As diferenças na perda de peso entre os genótipos variaram de 14,2% a 19,9% da perda de excesso de peso (P = 0,045 e 0,004, respectivamente) e de 7,6% a 9,0% da perda de peso total (P = 0,002 para ambas as comparações). Além disso, os portadores do alelo T também apresentaram cessação mais precoce da perda de peso após a cirurgia. Conclusão A presença do alelo T do SNP FKBP5 rs1360780 foi associada à perda de peso após cirurgia bariátrica. A cirurgia bariátrica pode interagir com genes envolvidos na regulação metabólica, levando a diferentes resultados de perda de peso.