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Objetivo Investigar a relação do polimorfismo do gene FTO com obesidade em adolescentes no Nordeste brasileiro. Resultados As variáveis ​​sexo, idade e atividade física apresentaram diferenças significativas entre os grupos (p < 0,001). As amostras de adolescentes obesos e não obesos ficaram em equilíbrio de Hardy-Weinberg (p = 0,0515). Não houve diferença significativa entre as frequências genotípicas (p = 0,719) e alélicas (p = 0,812) em relação aos grupos caso e controle. Quando comparadas as medidas antropométricas segundo os genótipos (AA, AT e TT), não foi observada diferença significativa no índice de massa corporal (p = 0,3337), especificações da cintura (p = 0,3473), percentual de gordura corporal ( p = 0,7096) e razão cintura-estatura (p = 0,2584). Conclusão O excesso de adiposidade dos adolescentes em estudo não foi influenciado pelo genótipo.