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A obesidade é o principal fator de risco para o aparecimento e precipitação de muitas doenças não transmissíveis. Esta condição, que está associada à inflamação sistémica crónica de baixo grau, é uma das principais preocupações durante a gravidez, levando a consequências muito graves para as novas gerações. Além do papel proeminente desempenhado pelo tecido adiposo, a disbiose do intestino materno também pode sustentar o ambiente inflamatório relacionado à obesidade, contribuindo para criar um ambiente intrauterino geral abaixo do ideal. Tal condição aqui genericamente definida como “útero inflamado” pode ter efeitos prejudiciais a longo prazo no desenvolvimento do cérebro fetal, aumentando a vulnerabilidade a distúrbios mentais. Nesta revisão, examinaremos a hipótese de que a disbiose intestinal relacionada à obesidade materna e a inflamação associada podem atingir especificamente a microglia cerebral fetal, os macrófagos imunes cerebrais residentes, alterando as trajetórias do neurodesenvolvimento de uma forma dependente do sexo. Também revisaremos algumas das estratégias nutricionais mais promissoras, capazes de prevenir ou neutralizar os efeitos da obesidade materna através da modulação da inflamação e do estresse oxidativo ou visando a microbiota materna.