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Antecedentes O contexto genético da obesidade geral e da distribuição de gordura é diferente, apontando para uma fisiologia subjacente separada. Aqui, procuramos metabólitos e partículas de lipoproteínas associadas à distribuição de gordura, medida como relação cintura/quadril ajustada para massa gorda (RCQadjfatmass), e adiposidade geral medida como porcentagem de massa gorda. Método A associação estratificada por sexo de 791 metabólitos detectados por cromatografia líquida-espectrometria de massa (LC-MS) e 91 partículas de lipoproteínas medidas por espectroscopia magnética nuclear (NMR) com WHRadjfatmass e massa gorda foram avaliadas usando três coortes de base populacional: EpiHealth (n = 2350) como coorte de descoberta, com PIVUS (n = 603) e POEM (n = 502) como coortes de replicação. Resultados Dos 193 metabólitos de LC-MS associados ao WHRadjfatmass no EpiHealth (taxa de falsa descoberta (FDR) <5%), 52 foram replicados em uma meta-análise de PIVUS e POEM. Nove metabólitos, incluindo ceramidas, esfingomielinas ou glicerofosfatidilcolinas, foram inversamente associados à RCQ, massa gorda em ambos os sexos. Duas das esfingomielinas (d18:2/24:1, d18:1/24:2 e d18:2/24:2) não foram associadas à massa gorda (p>0,50). De 91, 82 partículas de lipoproteína foram associadas ao WHRadjfatmass no EpiHealth e 42 foram replicadas. Quatorze deles estavam associados em ambos os sexos e pertenciam a partículas de HDL muito grandes ou grandes, sendo todos inversamente associados à RCQ, massa gorda e massa gorda. Conclusão Duas esfingomielinas foram inversamente associadas à distribuição de gordura corporal em homens e mulheres sem estarem associadas à massa gorda, enquanto partículas de HDL muito grandes e grandes foram inversamente associadas à distribuição de gordura e à massa gorda. Ainda não se sabe se esses metabólitos representam uma ligação entre uma distribuição prejudicada de gordura e doenças cardiometabólicas.