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Nas sociedades modernas, a obesidade tornou-se um problema sério que deve ser abordado com urgência. As implicações para a saúde da obesidade negligenciada são substanciais, uma vez que não só afecta a vida quotidiana dos indivíduos, mas também leva a um aumento significativo da mortalidade devido ao desenvolvimento de vários distúrbios, tais como diabetes tipo 2, doenças cardiovasculares, cancros e depressão. O objetivo desta pesquisa foi investigar as alterações em marcadores de saúde selecionados causadas pelo sobrepeso e obesidade em crianças. Os parâmetros medidos foram a atividade das enzimas fecais, a concentração de ácidos graxos de cadeia curta (SCFAs) e a concentração de ácidos graxos de cadeia ramificada (BCFAs). A atividade das enzimas fecais, especificamente α-glicosidase, α-galactosidase, β-glucosidase, β-galactosidase e β-glucuronidase, foi determinada por espectrofotometria no comprimento de onda de 400 nm. Além disso, as concentrações de ácido lático, SCFAs (ácidos fórmico, acético, propiônico, butírico e valérico) e BCFAs (ácidos isobutírico e isovalérico) foram determinadas pelo método HPLC. Os resultados obtidos revelam que crianças obesas apresentam atividade enzimática fecal diferente e perfil de ácidos graxos diferente de crianças com peso normal. O grupo de crianças obesas, quando comparado às crianças com peso normal, apresentou concentrações aumentadas de BCFAs (p < 0,05) e maior atividade de enzimas potencialmente nocivas como β-glicosidase e β-glucuronidase (p < 0,05). Em comparação, as crianças com peso normal exibiram concentrações significativamente aumentadas de ácido láctico e SCFAs (especialmente ácidos fórmico e butírico) (p <0,05). Além disso, a atividade de α-glicosidase e α-galactosidase foi maior quando comparada ao grupo de crianças obesas (p < 0,05). Estes resultados sugerem que a prevalência da obesidade tem um impacto significativo nos metabolitos produzidos no trato gastrointestinal, o que pode resultar numa maior probabilidade de desenvolvimento de doenças graves.