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A obesidade causa disbiose intestinal; no entanto, pouco se sabe sobre o microbioma oral. Nosso objetivo foi identificar diferenças na microbiota subgengival influenciadas pelo peso corporal e pelo estado periodontal. Pacientes (n = 75) recrutados no Hospital Odontológico Universitário de Sharjah, nos Emirados Árabes Unidos, foram distribuídos em três grupos iguais (peso saudável, sobrepeso e obesidade) subdivididos em não-leve (NM) ou moderado-grave ( EM) periodontite. Placas subgengivais foram coletadas. A microbiota foi identificada por sequenciamento de 16S rRNA usando tecnologia nanopore. A análise discriminante linear demonstrou biomarcadores bacterianos significativos para peso corporal e saúde periodontal. Foram identificadas assinaturas únicas de microbiota, com enriquecimento de periopatógenos em pacientes com periodontite por EM (Aggregatibacter actinomycetemcomitans em obesos, Tannerella forsythia e Treponema denticola em excesso de peso, Porphyromonas gingivalis e Fusobacterium nucleatum em peso saudável), refletindo assim diferenças na microbiota afetada pelo peso corporal. Outras bactérias patogênicas, como Salmonella enterica e Klebsiella pneumoniae, foram enriquecidas em indivíduos com sobrepeso e periodontite por NM, sugerindo um aumento na abundância relativa de patógenos mesmo em pacientes com boa saúde periodontal, caso estivessem com sobrepeso. As diversidades alfa e beta foram significativamente diferentes entre os grupos. A disbiose da microbiota subgengival em indivíduos obesos e com sobrepeso foi associada ao aumento da prevalência e gravidade da doença periodontal, que foi correlacionada com o índice de massa corporal. Este estudo destaca a imensa importância do microbioma oral e a necessidade de estilo de vida e intervenções odontológicas para resolver a disbiose oral e restaurar a homeostase normal.