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O objetivo deste estudo foi examinar a eficácia de uma intervenção de atividade física (AF) baseada na escola, em escala populacional e no mundo real, que proporcionou duas a três aulas adicionais de educação física por semana para crianças de 6 a 14 anos na Eslovênia. Mais de 34.000 participantes de mais de 200 escolas foram comparados com um número semelhante de não participantes das mesmas escolas. Equações de estimativa generalizadas foram usadas para estimar os efeitos de diferentes níveis de exposição à intervenção (isto é, de 1 a 5 anos) no IMC em crianças com peso normal, sobrepeso ou obesidade no início do estudo. O IMC foi menor no grupo de intervenção, independentemente da duração da participação ou do peso basal. A diferença no IMC aumentou com a duração do programa, com efeitos máximos observados após 3 a 4 anos de participação, e foi consistentemente maior para crianças com obesidade (com pico de 1,4 kg/m2 [IC 95%: 1,0–1,9] para meninas com obesidade e com pico de 0,9 kg/m2 [IC 95%: 0,6–1,3] para meninos com obesidade). O programa começou a se tornar eficaz na reversão da obesidade após 3 anos, enquanto os menores números necessários para tratar (NNTs) foram observados após 5 anos (NNTs = 17 para meninas e 12 para meninos). A intervenção de AF escolar em escala populacional foi eficaz na prevenção e tratamento da obesidade. Os efeitos foram maiores nas crianças que inicialmente apresentavam obesidade, de modo que o programa foi capaz de beneficiar as crianças que mais necessitavam de apoio.