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A epigenética regula a expressão genética e foi confirmado que desempenha um papel crítico em uma variedade de doenças metabólicas, como diabetes, obesidade, doença hepática gordurosa não alcoólica (DHGNA), osteoporose, gota, hipertireoidismo, hipotireoidismo e outras. O termo 'epigenética' foi proposto pela primeira vez em 1942 e com o desenvolvimento das tecnologias, a exploração da epigenética fez grandes progressos. Existem quatro mecanismos epigenéticos principais, incluindo metilação do DNA, modificação de histonas, remodelação da cromatina e RNA não codificante (ncRNA), que exercem diferentes efeitos nas doenças metabólicas. Fatores genéticos e não genéticos, incluindo envelhecimento, dieta e exercício, interagem com a epigenética e afetam conjuntamente a formação de um fenótipo. A compreensão da epigenética pode ser aplicada ao diagnóstico e tratamento de doenças metabólicas na clínica, incluindo biomarcadores epigenéticos, medicamentos epigenéticos e edição epigenética. Nesta revisão, apresentamos a breve história da epigenética, bem como os eventos marcantes desde a proposta do termo 'epigenética'. Além disso, resumimos os métodos de pesquisa da epigenética e introduzimos quatro mecanismos gerais principais de modulação epigenética. Além disso, resumimos os mecanismos epigenéticos nas doenças metabólicas e introduzimos a interação entre a epigenética e fatores genéticos ou não genéticos. Finalmente, apresentamos os ensaios clínicos e aplicações da epigenética em doenças metabólicas.