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Informações sobre os efeitos dos programas governamentais de nutrição fornecidos a crianças socialmente vulneráveis ​​para melhorar seu estado nutricional são escassas. Analisamos a eficácia de um programa nutricional, incluindo suplementação alimentar com fórmula infantil, na evolução do peso e altura de crianças socialmente vulneráveis ​​de Manaus, na Amazônia brasileira. Este estudo incluiu 7.752 crianças de 12 a 24 meses admitidas no programa entre 2017 e 2020. As medidas de peso e altura na admissão e a cada três meses depois foram extraídas do banco de dados do programa. Os escores z de peso para idade, peso para altura, índice de massa corporal para idade (IMC/I) e altura para idade foram analisados ​​usando um modelo de regressão linear multinível, que mostrou uma diminuição estatisticamente significativa nos déficits nutricionais em direção à recuperação nutricional no acompanhamento. A eficácia do programa foi avaliada em 1.617 crianças usando uma análise pareada comparando dados entre 12 e 15 meses de idade na admissão e no acompanhamento após 6 a 9 meses. Crianças admitidas com emagrecimento apresentaram um aumento no escore z do IMC/A, enquanto crianças admitidas com risco de sobrepeso e obesidade tiveram uma diminuição estatisticamente significativa no escore z do IMC/A. Crianças admitidas com crescimento atrofiado também apresentaram aumento nos escores z de altura para idade. O programa nutricional foi eficaz para crianças com emagrecimento e redução do excesso de peso.