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A obesidade é uma epidemia que causa uma crise de saúde metabólica. Aqui, foram estudadas as interações entre as comunidades procarióticas e eucarióticas intestinais, comorbidades metabólicas e dieta. Amostras de fezes de 56 indivíduos, 47 com obesidade tipo III e 9 com obesidade tipo II e risco cardiovascular ou doença metabólica, foram avaliadas quanto à riqueza, diversidade e ecologia da comunidade intestinal bacteriana através da metagenômica, juntamente com o estudo da presença de parasitas eucariotos unicelulares (Blastocystis sp., Dientamoeba fragilis e Giardia intestinalis) por qPCR. Foram coletadas informações clínicas sobre comorbidades metabólicas e doença hepática gordurosa hepática não alcoólica. Para avaliar a qualidade da dieta dos pacientes, cada participante preencheu três questionários dietéticos. O parasita mais prevalente, Blastocystis sp. (46,4%), juntamente com D. fragilis (8,9%), foram associados a índices médios de diversidade mais elevados em relação aos indivíduos não colonizados; o oposto do observado naqueles com G. intestinalis (16,1%). Em termos de abundância relativa dos filos, com Blastocystis sp. e D. fragilis, foram observadas diferenças muito pequenas; pelo contrário, G. intestinalis foi relacionado com aumento de Bacteroidetes e Proteobacteria, e diminuição de Firmicutes e Actinobacteria, apresentando a menor relação Firmicutes/Bacteroidetes. Em nível de gênero, Blastocystis sp. e/ou D. fragilis foi acompanhada por um aumento de Lactobacillus spp. e uma diminuição de Akkermansia spp., Bifidobacterium spp. e Escherichia spp., enquanto G. intestinalis foi associada ao aumento de Bacteroides spp., e à diminuição de Faecalibacterium spp., Prevotella spp. e Lactobacillus spp., e o maior Bacteroides spp./Prevotella spp. razão. Os participantes com fígado gorduroso hepático não alcoólico apresentaram uma relação Firmicutes/Bacteroidetes mais elevada, e aqueles com diabetes tipo 2 apresentaram uma relação Faecalibacterium spp./Escherichia spp. proporção, devido a uma super-representação do gênero Escherichia spp. A presença de parasitas foi associada a variações na riqueza, diversidade e distribuição de táxons nas comunidades bacterianas, confirmando um ganho de diversidade associado a Blastocystis sp. e proporcionar um funcionamento diferenciado da microbiota com potencial efeito positivo em comorbidades como diabetes tipo 2, resistência à insulina e síndrome metabólica. Futuros estudos básicos e clínicos deverão avaliar o efeito benéfico ou patogénico destes eucariotas em indivíduos obesos e concentrar-se em decifrar se podem implicar um perfil metabólico mais saudável.