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Antecedentes O aumento do acúmulo de gordura resulta de um desequilíbrio entre o gasto e a ingestão de energia, sendo modulado por diversos fatores ambientais e genéticos. Proteínas desacopladoras (UCPs) são proteínas transportadoras mitocondriais capazes de gastar energia gerando calor. Portanto, variações nesses genes são bons candidatos como potenciais moduladores do acúmulo de gordura corporal. Nosso objetivo foi investigar a possível associação de variações genéticas do gene que codifica a proteína UCP2 com obesidade e distribuição de gordura. Desenho Realizamos um estudo transversal em 2.367 indivíduos de dois estudos de base populacional de diferentes regiões da Espanha. O Estudo Hortega incluiu 1.436 indivíduos (693 mulheres) de 21 a 85 anos de idade, e o Estudo Pizarra incluiu 931 indivíduos (584 mulheres) de 18 a 65 anos de idade. Avaliamos três polimorfismos do gene UCP2. Resultados O genótipo TT do polimorfismo rs660339 e o genótipo AA do polimorfismo rs659366 do gene UCP2 foram significativamente associados à maior circunferência da cintura no Estudo Hortega. Além disso, indivíduos portadores de ambos os genótipos (TT+AA) também apresentaram maior adiposidade central em comparação com outros genótipos. Esta associação também esteve presente no Estudo Pizarra. Além disso, na população agrupada, encontramos uma associação mais forte com a circunferência da cintura. Inclusive, encontramos associação com o IMC. Além disso, o polimorfismo rs659366 foi associado ao risco de obesidade abdominal (P = 0,04: OR = 1,3; IC = 1,01–1,67). Conclusões Polimorfismos do gene UCP2 (rs660339 e rs659366) foram associados à obesidade central. Este estudo mostra a associação entre o gene UCP2 e a susceptibilidade à obesidade e distribuição de gordura corporal numa população do sul da Europa.