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Objetivo: No Brasil, as estimativas nacionais de desnutrição infantil não são atualizadas desde 2006. O uso de sistemas de informação em saúde é uma importante fonte de dados complementares para analisar tendências temporais em saúde e nutrição. Este estudo teve como objetivo examinar tendências temporais e desigualdades sociodemográficas na prevalência de desnutrição em crianças atendidas em serviços de atenção primária à saúde entre 2009 e 2017. Resultados: No total, foram incluídas 15.239.753 crianças. Observou-se um aumento na prevalência de excesso de peso (APC = 3,4%; P = 0,015) e um declínio na prevalência de emaciação (–6,2%; P = 0,002). A prevalência do atraso no crescimento (–3,2%, P = 0,359) e da dupla carga (–1,4%, P = 0,630) teve reduções discretas e não significativas. Apesar da redução significativa na prevalência da subnutrição entre as crianças dos subgrupos mais vulneráveis ​​(negros, beneficiários de transferências monetárias condicionais e residentes das zonas mais pobres e menos desenvolvidas), a elevada prevalência de atraso no crescimento e de emaciação persiste, juntamente com um aumento desproporcional na prevalência de excesso de peso em esses grupos. Conclusões: O padrão observado de nanismo (prevalência elevada e persistente) e aumento do excesso de peso elucidam retrocessos nos avanços já observados em períodos anteriores e sublinham a necessidade de estratégias sociais e políticas para abordar múltiplas formas de desnutrição.