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Bebês nascidos em grandes altitudes, como na região de Puno, geralmente apresentam pesos ao nascer maiores do que aqueles nascidos em baixas altitudes; no entanto, a influência da etnia nos padrões antropométricos da infância em ambientes de grandes altitudes permanece pouco compreendida. Este estudo teve como objetivo caracterizar o estado nutricional, a composição corporal e os índices, e o somatótipo de crianças quéchuas e aimarás com idades entre 6 e 10 anos. Foi empregado um delineamento transversal, descritivo e comparativo, com uma amostragem aleatória simples de crianças de seis províncias representativas da região de Puno, incluindo 1.289 crianças de ambos os sexos. Vinte e nove medidas antropométricas foram tomadas, e os componentes de gordura, músculo e osso foram avaliados usando análise de impedância bioelétrica. Equações padronizadas foram aplicadas para determinar os índices corporais. Entre os achados, a maioria das crianças apresentou estado nutricional normal de acordo com os escores Z do IMC para a idade e da altura para a idade. No entanto, altas taxas de sobrepeso e obesidade foram observadas em crianças aimarás (39%) e quéchuas (28,4%), com diferenças no conteúdo de gordura entre os grupos étnicos nos percentis 5, 10, 50 e 75. Ambos os grupos foram caracterizados por braquitipia e proporções braquibraquiais; as crianças quéchuas eram mesoscélicas e as aimarás braquiscélicas, com proporções macrocórmicas, troncos retangulares e costas largas. O somatótipo predominante foi o mesomórfico, com uma tendência endomórfica mais forte entre os aimarás. Conclui-se que ambos os grupos apresentam estado nutricional normal; no entanto, as crianças aimarás mostram uma maior tendência ao acúmulo de gordura e diferenças morfológicas notáveis. Diferenças também foram observadas nas proporções dos membros, particularmente um membro inferior relativamente mais curto.