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Introdução: A obesidade infantil é um importante problema de saúde pública, podendo levar ao aumento do risco de obesidade na idade adulta. A relação entre a incidência de obesidade e o tipo de parto não é clara. A cesariana (CE) pode ser um dos fatores de risco de obesidade em crianças. Investigamos a relação entre o tipo de parto das gestantes e o risco de sobrepeso/obesidade em crianças de todas as idades de 1 a 4 anos. Métodos: Cadastrados no sistema de registro materno-infantil da cidade de Xiamen, os recém-nascidos nascidos entre janeiro de 2011 e dezembro de 2012 foram acompanhados até os 4 anos de idade. Resultados: foram incluídos no estudo 9.964 casos, dos quais 3.462 casos (34,7%) foram partos cesáreos. De 1 a 4 anos de idade, os escores Z do IMC e o risco de sobrepeso/obesidade de crianças nascidas por CS foram maiores do que por vagina. A análise longitudinal dos resultados antropométricos avaliados durante as visitas do estudo em filhos de 1 a 4 anos de idade expostos à CS mostrou que, após ajuste para tipos de fatores de efeito, as alterações nos escores Z do IMC foram de 0,04 (IC 95%: 0,01–0,09, p = 0,003), significativamente superior ao parto vaginal, e o risco de incidência de sobrepeso/obesidade aumentou 8% na prole SC; OR = 1,08 (1,01–1,21, p< 0,05). Conclusão: A modalidade de parto cesáreo está relacionada ao risco de sobrepeso e obesidade em crianças de 1 a 4 anos. Quando as mulheres grávidas optam pelo parto cesáreo sem indicações médicas, devem preocupar-se com o facto de os seus filhos poderem ter um risco maior de obesidade.