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O microbioma intestinal, ou seja, a comunidade de bactérias e outros microrganismos que vivem no intestino humano, tem sido implicado direta e indiretamente (mediando os efeitos da dieta) na saúde humana [1, 2]. As associações entre a composição do microbioma intestinal e o estado da doença têm sido amplamente relatadas, enquanto estudos recentes demonstraram um papel do microbioma intestinal na influência de órgãos remotos, mucosas e função imunológica [3, 4]. Atualmente, um esforço considerável está focado na compreensão da história natural do desenvolvimento do microbioma em humanos no contexto dos resultados de saúde, em paralelo com a melhoria do nosso conhecimento das interações moleculares microbioma-hospedeiro. Estes esforços visam, em última análise, desenvolver abordagens eficazes para reabilitar ecossistemas microbianos humanos perturbados como um meio de restaurar a saúde e prevenir doenças. Esta revisão detalha o papel do microbioma intestinal nas doenças crônicas (Fig. 1) e as formas como ele pode ser modulado para o manejo ou prevenção de condições crônicas.